ZOOM Lite

Apraksts

ZOOM Lite ir nākamās paaudzes sekvencēšanas datu kartēšanas un vizualizācijas programmatūra. Lietotāji ievada atsauces genomus un Illumina/Solexa īsā laikā lasa failus vai AB SOLiD krāsu telpa lasa failus dažādos formātos, piemēram, * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta utt. ZOOM izvada šo īso kartēšanas rezultātus. skan atsauces secībā. ZOOM Lite ir ātrs un precīzs kartēšanas kodols, kas balstīts uz nesen izstrādātu vairāku atstarpju sēklu teoriju. Var apstrādāt gan viena, gan pāra gala dažāda garuma nolasījumus no 15 līdz 240 bp. Ir atļauts jebkurš neatbilstību skaits un viena dažāda garuma ievietošana/dzēšana starp izlasīto un tā mērķa reģionu atsauces secībā. Katra lasījuma unikāli kartētie rezultāti vai labākie (augšējie N) rezultāti tiks ziņoti atbilstoši minimālajām neatbilstībām un indela garumam. Kvalitātes rādītāji tiek izmantoti, lai uzlabotu kartēšanas precizitāti. Balstoties uz kartēšanas kodolu, ZOOM Lite ļauj lietotājiem ielādēt vietējos nolasītos datus un atsauces secības datus, atlasīt pareizos parametrus, paralēli apstrādāt liela apjoma datus līdz četriem procesoriem, pārraudzīt darbojošos uzdevumus, saglabāt kartēšanas rezultātus, skatīt grafikus kartēšanas rezultāti un izejas kartēšanas rezultāti vai nu * .BED, vai * .GFF failu formātos, lai veiktu turpmāku apsekošanu, izmantojot UCSC pārlūka maršruta informāciju. Kartēšanas rezultātus var apskatīt jebkurā vēlamajā skalā, sākot no lasīšanas dziļuma grafika visā hromosomā līdz detalizētai secības izlīdzināšanai starp lasījumiem un atsauces secību. Lietotāji viegli pārvietojas uz interesējošajiem reģioniem, vienkārši noklikšķinot un velkot vai ritinot. ZOOM Lite ir ZOOM Studio programmatūras atvasinājums.