RAPTOR

Apraksts

RAPTOR ir novatoriska programmatūra, kas paredzēta precīzai olbaltumvielu struktūras prognozēšanai. Tas apvieno uzlabotus analīzes rīkus vienā integrētā programmatūras risinājumā un nodrošina trīs dažādas vītņu veidošanas metodes. RAPTOR unikālā veselu skaitļu programmēšanas optimizācijas pieeja ir visefektīvākā, lai atrastu mērķa struktūras veidnes ar zemu secības homoloģiju, un tā spēj ģenerēt augstas kvalitātes modeļus. Viegli lietojamais interfeiss un viegli saprotamās E vērtības ir ideāli piemērotas iesācējiem un ekspertiem. Pirmām kārtām intuitīvais izejas rezultāts ļauj lietotājiem saprast rezultātus tikai ar vienu acu uzmetienu. Ņemot vērā mērķa olbaltumvielu secību, ja ir homologs proteīns ar zināmu 3D struktūru, to var atrast, izmantojot sekvences meklēšanas rīkus, piemēram, PSI-BLAST, kas arī sniegti RAPTOR. Pēc tam mērķa struktūra tiek veidota no zināmās struktūras; tomēr, ja secības homoloģija nav nozīmīga, t.i., mazāka par 25%, PSI-BLAST nevar nodrošināt pārliecinošu trāpījumu. Atšķirībā no PSI-BLAST, kas vienkārši veic secības meklēšanu, olbaltumvielu pavedieni, salocīšanas atpazīšana izmanto gan homoloģiju, gan struktūras informāciju. Tas skenē olbaltumvielu secību ar nezināmu struktūru, salīdzinot ar zināmu struktūru datu bāzi. Izmantojot vērtēšanas funkciju un veicot trīsdimensiju struktūru un lineāru olbaltumvielu secību saderības analīzi, tiks noteikts labākais strukturālais šablons, no kura veidot secības struktūru. Tā rezultātā olbaltumvielu pavedieni dod labāku prognozi nekā homoloģijas modelēšana, ja ir marginālas secības homoloģija.