FlexS

Apraksts

FlexS prognozē viena ligandu konformāciju un orientāciju attiecībā pret otru. FlexS tiek pieņemts, ka atsauces ligands ir stingrs, tāpēc tas jānorāda konformācijā, kas ir līdzīga saistītajam stāvoklim. Superpozīcijas algoritmam FlexS ir nepieciešama tikai neliela manuāla iejaukšanās. Varat integrēt šīs zināšanas aprēķinos ar FlexS, veicot atsevišķas darbības manuāli. Tādējādi FlexS ir paredzēts interaktīvam darbam ar ligandu pāriem, kā arī uz ligandu balstītai virtuālai skrīningam. Divas galvenās FlexS lietojumprogrammas ir ligandu superpozicionēšana (piemēram, CoMFA/QSAR) un virtuālā skrīnings. Ja jums ir proteīns un neliela molekula, kas ar to saistās (tā sauktais atsauces ligands), bet nav proteīna struktūras, atsauces struktūru varat uzskatīt par aktīvās vietas negatīvu pirkstu nospiedumu. FlexS nosaka līdzību starp testu un atsauces struktūru, tos izlīdzinot. Virtuālajā skrīningā jums ir atsauces ligands un savienojumu kopums, un jūs interesē savienojumu noteikšana par prioritāti eksperimentālai pārbaudei.